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炭酸飲料を含む清涼飲料水の多くが砂糖を含有している。砂糖の多いソフトドリンクはWHO/FAOによる2003年のレポートで肥満と虫歯が増加することとの関連が報告されている。アメリカでは、2009年までに公立学校で糖分を添加した飲料は販売されないようにすると合意されている。また昔からADHDとの関連が疑われているが、最近の研究でもADHD（注意欠陥・多動性障害）との相関関係があった。また、肥満や糖尿病との関連を指摘されている。すい臓がんとの関連も指摘されている。イギリスでは2007年4月1日より砂糖を多く含む子供向け 食品のコマーシャルが規制されている。
このため砂糖の代わりに人工甘味料を利用したダイエット飲料が発売されており、炭酸飲料においてもダイエット・コークなどが存在する。人工甘味料のアスパルテームなどについても健康上の議論が活発である。
炭酸水に骨を浸すとカルシウムが溶解するため炭酸飲料が骨を溶かすと言われた時期があった。ただしこれは炭酸水が酸性であるためにカルシウムを溶かしたのであり、炭酸水自体は二酸化炭素を含有した水でしかない。そのまま体内に吸収されるわけではなく、炭酸水を摂取したからといって血液が酸性に変わることもないので、この意味での影響は否定されている。
砂糖の摂りすぎはカルシウムの排泄量を増やすため、尿路結石では摂取を控えるとの指導がある。う蝕（虫歯）は歯の主要成分の一つであるヒドロキシアパタイトとその成分のカルシウムを溶出させる。
炭酸飲料は酸味料としてリン酸を用いる場合が多く、リン酸の健康上の影響については様々な研究がある。コーラを定期的に摂取する人は、そうでない人より骨密度が低いというもの、リンの摂取が少ないと骨密度が下がるというもの、炭酸飲料の摂取はカルシウムの排出に影響しないとするものがある。リン自体は人体に必須のミネラルであり、厚生労働省が定めた摂取基準によれば18～49才の成人の1日あたり目安量は男性1050mg、女性900mg、上限量は男女とも3500mgとされている。例としてコカ・コーラのリン含有量は100g中16mgである。 [出典: Wikipedia]
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